Для того чтобы удалить флажок с населенного пункта, необходимо выделить интересующий населенный пункт и открыть соответствующий инструмент в плавающем меню.

После открытия необходимо кликнуть на крестик над тем флажком в меню, который нужно удалить с фигуры.